En la Bujinkan se usa comúnmente el sistema de grados de “Dan”, cuyo nombre completo sería Dankyūisei (段級位制) o Dan-i (級位). Dicho sistema de graduación proviene el Go, un juego de tablero de origen chino, y cuyo objetivo principal era clasificar a los jugadores según su nivel de habilidad. El sistema de graduación fue inicialmente introducido a las artes marciales por Jigorō Kanō, el fundador del Jūdō, a finales del siglo XIX, y después fue adoptado por muchas artes marciales japonesas modernas como el Karate, el Aikidō, el Kendō y, eventualmente, fue adoptado también por Hatsumi Sensei para la Bujinkan.

Este sistema de graduación está dividido en dos grandes categorías: Yūdansha (有段者) que se puede traducir como “persona que posee un grado” y Mudansha (无段者), que se puede traducir como “persona que no posee un grado”. Para los practicantes de la categoría Yūdansha son asignados niveles, llamados Dan (段), en orden ascendente, desde el primero hasta el decimoquinto, y para los Mudansha son asignados grados en orden descendente, llamados Kyū, desde al décimo hasta el primero.

Dentro de los grados Yūdansha existen 3 divisiones secundarias: De 1º a 4º Dan, de 5º a 9º Dan y de 10º a 15º Dan. Que se distinguen principalmente por el color del parche: Los practicantes de 1º a 4º Dan usan un parche de fondo rojo con los kanji y los bordes de color negro, Los practicantes de 5º a 9º Dan usan el parce de fondo rojo, kanji negro y bordes blancos, y por ultimo los practicantes de 10º a 15º Dan usan el parche de color naranja, kanji verde y bordes en azul claro.

La forma clásica de diferenciar a los Yūdansha y los Mudansha es que los Yūdansha portan un Obi o cinturón de color negro, y los Mudansha portan cinturones de colores. Dentro de la Bujinkan se usan un par de símbolos adicionales para diferenciar claramente el grado del practicante, aparte del color del cinturón: El parche (que normalmente se denomina “Bujin”), que se porta en el pecho, y unas estrellas que se portan encima de dicho parche.

A continuación, vemos un cuadro con los grados, su color de cinturón, parche y estrellas correspondientes:

Para cada grado se expide desde el Honbu Dōjō un diploma como el que se ve en la imagen a continuación:

Las partes del diploma son las siguientes, viéndolas de derecha a izquierda:

1. 免許 - Menkyo: Se puede traducir como “licencia” o “certificado”.
2. Sello:Un sello o Hanko (判子) de Hatsumi Sensei en tinta roja, y justo debajo el nombre del graduado, puede ser en Katakana (alfabeto silábico japones) o en caracteres occidentales.
3. 右の者 - Migi no Mono: Persona a la derecha (refiriéndose al nombre del graduado).
4. 武神館道場 - Bujinkan Dōjō
5. 武道體術 - Budō Taijutsu
6. 六段たる者也 - Rokudan Taru Mono Nari: En el caso de este ejemplo en particular “Rokkudan” es 6º Dan, y Taru Mono Nari, se puede traducir como “la persona tiene el nivel de arriba”. Y se puede ver un Hanko grande con los kanji de “Bujin”.
7. 令和元年十一月十五日 - Reiwa Gannen Jūichi Gatsu Jūgo Nichi: Es la fecha en la que se expide el certificado, en este caso particular, el diploma se expidió el primer año (Gannen) de la era Reiwa (2019), en el mes 11 (Jūichi Gatsu) o noviembre, y en el día 15 (Jūgo Nichi).
8. 戸隠流 神伝不動流 玉虎流 九鬼神流 虎倒流 玉心流 高木揚心流 義鑑流 雲隠流 – Togakure Ryū, Shinden Fudō Ryū, Gyokko Ryū, Kukishin Ryū, Kotō Ryū, Gyokushin Ryū, Takagi Yoshin Ryū, Gikan Ryū, Kumogakure Ryū: Son las 9 escuelas de la Bujinkan.
9. 宗家初見良昭 - Sōke Hatsumi Masaaki, y abajo se ve otro Hanko.
10. 武号白龍翁 - Bugō Byakuryū-ō: El “nombre de guerra” de Hatsumi sensei, Venerable Dragon Blanco, y se ve el ultimo Hanko de Hatsumi Sensei.

En algunos casos específicos también se usa otro sistema de graduación, más antiguo que el Dankyūisei, llamado Menkyo, que vimos más arriba que significa “licencia” o “certificado”. Este sistema de graduación es el que utilizan los Koryū en general, y su principal característica es entregar certificados al estudiante cuando haya dominado un “nivel de transmisión” o un área de conocimiento especifico de cada estilo. Otras características importantes son que en este sistema de graduación no existen los cinturones de colores para identificar el grado o nivel del estudiante, y que dichos niveles de transmisión se organizan y se enseñan al estudiante según su dificultad

Es en este sistema de graduación donde se usan los llamados Mokuroku (目録, Catalogo) que son básicamente unos manuales escritos donde se registran los conocimientos, técnicas, enseñanzas y demás información de cada nivel de estudio, y tradicionalmente se registran en los famosos pergaminos de cada arte.

El esquema general de dichos niveles es el siguiente:

• Okuiri (奥入): Ingresar al interior. Se denomina así al nivel del estudiante que recién empieza a estudiar el estilo.
• Shoden Menkyo (初伝免許): Certificado de transmisión inicial. Es el primer certificado que se entrega al estudiante, cuando ha completado el nivel inicial o de principiantes.
• Chūden Menkyo (中伝免許): Certificado de transmisión intermedia. Como su nombre lo indica es el certificado que el estudiante recibe al completar el entrenamiento del nivel intermedio.
• Okuden Menkyo (奥伝免許): Certificado de transmisión de interiorización. Después del nivel inicial y el intermedio, el estudiante pasa a entrenar y estudiar el nivel de “profundización” o “interiorización” del arte.
• Hiden Menkyo (秘伝免許): Certificado de transmisión oculta. Normalmente en los Koryū no se revelan los niveles más avanzados del arte al público en general, y por eso a este certificado se le denomina “oculto”, ya que solo los estudiantes avanzados, con varios años de entrenamiento y con un compromiso comprobado podrán estudiar este nivel.
• Menkyo Kaiden (免許皆伝): Certificado de transmisión total. Cuando el estudiante ha terminado de estudiar todas las enseñanzas y técnicas del arte, se le otorga este certificado, que lo acredita como conocedor del arte en su totalidad.

Dentro de la Bujinkan, los Menkyo que se expiden con mayor frecuencia son los Shidōshi Menkyo (士道師免許), que se otorgan cuando el practicante pasa la famosa prueba del Sakki Test para el 5º Dan, que lo autoriza para ser instructor de forma autónoma. Dicho Mekyo tiene un formato un poco diferente a los certificados de grado normales, como se puede ver a continuación:

Otros Menkyo que se entregan a los practicantes con altas graduaciones son el Shingitai Menkyo (心技体免許), que se puede traducir como certificado de cuerpo, técnica y corazón como un todo, que simboliza que el practicante ha logrado la maestría en las 3 principales cualidades de un artista marcial; El Yūshū Shihan Menkyo (優秀師範免許), o certificado de excelencia para los Shihanes, que se otorga a los 15º Dan que han demostrado excelencia en su carrera marcial; Y por último, a los 15º Dan también se les puede otorgar el Dai Shihan Menkyo (大師範免許), o certificado de gran Shihan, que es el máximo grado que un estudiante de la Bujinkan puede obtener. Para este último Menkyo se entrega también un parche especial para el grado, de color morado de fondo, con reborde naranja y Kanji dorado.

A continuación, se pueden ejemplos de los 3 Menkyo anteriores:

Últimamente los nuevos Sōke han empezado a entregar certificados de Menkyo Kaiden a algunos estudiantes muy avanzados, como podemos ver en la siguiente fotografía, donde el actual Sōke de Koto Ryū, Yukio Noguchi, le hace entrega del diploma de Menkyo Kaiden al Dai Shihan Christian Petroccello.

Adicional a estos certificados, el Sōke actual otorga el Menkyo de Sōke a su sucesor, escogido de entre uno de sus estudiantes que posea el Menkyo Kaiden. En las siguientes imágenes podemos ver los Menkyo de Sōke de Togakure Ryū y Kukishinden Ryū que Takamatsu Sensei le otorgó a Hatsumi Sensei.

El nombre más común con el que se conoce el uniforme para el entrenamiento de artes marciales japonesas es Keikogi (稽古着, ropa para entrenar), aunque también se pueden encontrar términos como Dōgi (道着, ropa para el camino), o simplemente Gi (着, ropa). En la Bujinkan el Keikogi más usado es de color negro, con el mismo diseño básico del Keikogi básico de Karate Do, como el que se puede ver en la imagen.

Las prendas básicas que componen el uniforme son:

• Uwagi (上着, Chaqueta): También se conoce en español como casaca, tiene el diseño común de las prendas japonesas que se cierra con solapas en diagonal, que se aseguran con unas pequeñas tiras de tela a los lados.
• Zubon (ズボン, pantalón): El rasgo característico de los pantalones del Keikogi japonés clásico es un conjunto de piezas triangulares en la zona de la entrepierna para facilitar el movimiento y la apertura de las piernas.
• Obi (帯, cinturón): El cinturón es una pieza de tela larga que sujeta el Uwagi, y tiene el mismo diseño clásico de las demás artes marciales japonesas, y tal como en las demás artes, se usan diferentes colores para indicar el rango del practicante.

Adicionalmente al uniforme básico, se pueden usar, según las circunstancias, algunas otras prendas complementarias, como lo son:

Al principio y al final de cada clase hay una serie de pasos que se siguen para iniciar o terminar formalmente el entrenamiento. Dicho protocolo se puede separar en los siguientes pasos:

1. El instructor se ubica en Seiza (de rodillas) frente al Kamiza (上座, asiento principal o asiento de honor), que es el sitio donde se encuentra el pequeño altar sintoísta que generalmente preside el Dōjō. Los estudiantes se ubican en Seiza y en formación detrás del instructor.
2. El instructor junta sus manos en una posición de “rezo” llamada Gassho, igual que los estudiantes. En este momento se guarda total silencio y se hace una corta meditación o Mokusō (黙想, pensar en silencio).
3. El instructor, ya sea mentalmente o en voz baja, recita el siguiente verso: Chihayaburu, Kami no Oshie wa, Tokoshieni, Tadashiki Kokoro, Mi wo Mamoruran (千早振る, 神の教えは, とこしえに, 正しき心, 身を守るらん), cuya traducción textual es algo compleja, pero se puede interpretar como “Gran divinidad, que tus enseñanzas nos protejan eternamente y nos permitan mantener el corazón puro”.
4. Después de esto, en algunas ocasiones el instructor puede ejecutar Kuji Kiri (九字切り, nueve cortes), que son unos “cortes” al aire ejecutados con los dedos a forma de “ritual de protección”.
5. El instructor recita en voz alta el siguiente verso: Shikin Haramitsu Daikōmyō (詞韻波羅密大光明), que nuevamente tiene una traducción textual compleja, pero se puede interpretar como "Que todo lo que aprendamos hoy sea un paso más que nos conduzca hacia la iluminación que pretendemos".
6. Justo después de terminar el verso anterior, se dan dos palmadas con las manos, se hace una reverencia poniendo las manos en el piso frente a las rodillas, se reincorpora el tronco, se da una última palmada con las manos, y se finaliza realizando una última reverencia.
7. El instructor se da la vuelta sin levantarse para quedar de frente a los estudiantes, hace una reverencia nuevamente poniendo las manos en el piso en frente de las rodillas, y dice en voz alta Onegaishimazu (お願いします) que se puede traducir como “por favor”, para iniciar la clase, o dice Dōmo Arigatōgozaimasu (どうもありがとうございます), que se traduce como “muchas gracias por todo”, para finalizar la clase.